Sotto il profilo ecologico, il biogas è uno dei migliori carburanti rinnovabili. Consente infatti di ridurre sensibilmente le emissioni di gas a effetto serra e presenta un impatto ambientale complessivo inferiore rispetto a quello dei carburanti fossili. Pochi altri carburanti rinnovabili vantano questa caratteristica: soprattutto quelli prodotti a partire da materie prime rinnovabili coltivate ad hoc causano spesso un carico ambientale superiore a quello dei carburanti fossili.

Questa valutazione deriva dallo studio «Ökobilanz von Energieprodukten – Ökologische Bewertung von Biotreibstoffen» (Ecobilancio di prodotti energetici – analisi ecologica dei biocarburanti) pubblicato dall'EMPA nel 2007. In base al grafico riportato qui di seguito, il metano, dunque biogas prodotto a partire da sostanze residue, presenta un bilancio oltremodo positivo in termini di emissioni di gas a effetto serra e di impatto ambientale complessivo.